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●分子實(shí)驗(yàn)中常用生化試劑原理匯總● 5.在用乙醇沉淀DNA時(shí),為什么一定要加NaAc或NaCl至終濃度達(dá)0.1~0.25mol/L?在pH為8左右的溶液中,DNA分子是帶負(fù)電荷的,加一定濃度的NaAc或NaCl,使Na+中和DNA分子上的負(fù)電荷,減少DNA分子之間的同性電荷相斥力,易于互相聚合而形成DNA鈉鹽沉淀,當(dāng)加入的鹽溶液濃度太低時(shí),只有部分DNA形成DNA鈉鹽而聚合,這樣就造成DNA沉淀不完全,當(dāng)加入的鹽溶液濃度太高時(shí),其效果也不好。在沉淀的DNA中,由于過多的鹽雜質(zhì)存在,影響DNA的酶切等反應(yīng),必須要進(jìn)行洗滌或重沉淀。 6.加核糖核酸酶降解核糖核酸后,為什么再要用SDS與KAc來處理?加進(jìn)去的RNase本身是一種蛋白質(zhì),為了純化DNA,又必須去除之,加SDS可使它們成為SDS-蛋白復(fù)合物沉淀,再加KAc使這些復(fù)合物轉(zhuǎn)變?yōu)槿芙舛雀〉拟淃}形式的SDS-蛋白質(zhì)復(fù)合物,使沉淀更加完全。也可用飽和酚、氯仿抽提再沉淀,去除RNase。在溶液中,有人以KAc代替NaAc,也可以收到較好效果。 7.為什么在保存或抽提DNA過程中,一般采用TE緩沖液?在基因操作實(shí)驗(yàn)中,選擇緩沖液的主要原則是考慮DNA的穩(wěn)定性及緩沖液成分不產(chǎn)生干擾作用。磷酸鹽緩沖系統(tǒng)(pKa=7.2)和硼酸系統(tǒng)(pKa=9.24)等雖然也都符合細(xì)胞內(nèi)環(huán)境的生理范圍(pH),可作DNA的保存液,但在轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)時(shí),磷酸根離子的種類及數(shù)量將與Ca2+產(chǎn)生Ca3(PO4)2沉淀;在DNA反應(yīng)時(shí),不同的酶對(duì)輔助因子的種類及數(shù)量要求不同,有的要求高離子濃度,有的則要求低鹽濃度,采用Tris-HCl(pKa=8.0)的緩沖系統(tǒng),由于緩沖液是TrisH+/Tris,不存在金屬離子的干擾作用,故在提取或保存DNA時(shí),大都采用Tris-HCl系統(tǒng),而TE緩沖液中的EDTA更能穩(wěn)定DNA的活性。 8.如何選擇聚乙二醇(6000)的濃度來沉淀DNA?采用PEG(6000)沉淀DNA,大小不同的DNA分子所用的PEG的濃度也不同,PEG的濃度低,選擇性沉淀DNA分子量大,大分子所需PEG的濃度只需1%左右,小分子所需PEG濃度高達(dá)20%。本實(shí)驗(yàn)選擇性沉淀4.3kb的pBR322質(zhì)粒DNA,每毫升加入0.4毫升的30% PEG,其終PEG濃度為12%。PEG選擇性沉淀DNA的分辨率大約100bp。 9.抽提DNA去除蛋白質(zhì)時(shí),怎樣使用酚與氯仿較好?酞與氯仿是非極性分子,水是極性分子,當(dāng)?shù)鞍姿芤号c酚或氯仿混合時(shí),蛋白質(zhì)分子之間的水分子就被酚或氯仿擠去,使蛋白失去水合狀態(tài)而變性。經(jīng)過離心,變性蛋白質(zhì)的密度比水的密度為大,因而與水相分離,沉淀在水相下面,從而與溶解在水相中的DNA分開。而酚與氯仿有機(jī)溶劑比重更大,保留在下層。作為表面變性的酚與氯仿,在去除蛋白質(zhì)的作用中,各有利弊,酚的變性作用大,但酚與水相有一定程度的互溶,大約10%~15%的水溶解在酚相中,因而損失了這部分水相中的DNA,而氯仿的變性作用不如酚效果好,但氯仿與水不相混溶,不會(huì)帶走DNA。所以在抽提過程中,混合使用酚與氯仿效果好。經(jīng)酚**次抽提后的水相中有殘留的酚,由于酚與氯仿是互溶的,可用氯仿**次變性蛋白質(zhì),此時(shí)一起將酚帶走。也可以在**次抽提時(shí),將酚與氯仿混合(1:1)使用。

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編輯:小檀20180925